提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
发育儿补贴,鼓励生育就该着眼于“减负”******
■ 社论
发育儿补贴,就是让政府更多地参与到生育养育成本分摊体系中,减轻育儿经济压力。
近日,深圳市卫生健康委就《深圳市育儿补贴管理办法》公开征求意见,办法初步拟定了深圳市育儿补贴标准,明确按照递进式差异化原则发放育儿补贴,其中生一孩、二孩、三孩三年累计补贴分别为7500、11000、19000元,引发舆论广泛关注。无独有偶,济南日前也印发《济南市优化生育政策促进人口长期均衡发展实施方案》,明确济南市户籍按照生育政策于2023年1月1日以后出生的二孩、三孩家庭,每孩每月发放600元育儿补贴,直至孩子3周岁。
应看到,自四川攀枝花市2021年7月在全国率先推出育儿补贴以来,包括云南、河北衡水等多地,都出台了育儿补贴政策。这次深圳、济南等地对育儿补贴做出政策安排,挟大城市的身位推出实打实的激励补贴,意味着“发钱鼓励生育”的政策暖风,正更多地从中小城市吹到包括一线城市在内的大城市。
这显然来得很有必要:现实中,大城市虽然能吸纳更多的年轻人,但生育率往往更低,年轻人“不想生、不愿生、不敢生”现象往往也更严重。这跟大城市里生活压力更大、工作节奏更快及精养模式对应的养育成本更高,有直接关系。
生育问题也是个经济问题。在经济学视域下,生育的实质就是“人口的再生产”,其正外部性很明显,但高成本也会成为影响生育意愿的重要因素。在大城市,生育养育的综合成本通常更高。要提升那些适育年龄人口的生育积极性,还得从为他们切实“减负”着手——这里面的“负”,首先就包括经济负担。
在此背景下,深圳、济南等大城市推出育儿补贴,无疑是直击适育年龄人口的真切痛点。拿深圳为例,其超大城市属性本就赋予了其育儿补贴举措以标志性意义,而相对较高的补贴标准和生育补贴对象扩展到一孩的补贴范围,也不乏范本价值。
鉴于深圳几乎是“全国最年轻的城市”,根据第七次全国人口普查数据测算,深圳5.36%的老年人口比例尚未达到老龄化社会10%的标准线,以育儿补贴鼓励生育更像是政策靠前发力。也因如此,此举更容易起到示范作用,毕竟,很多地方比深圳更需要有效释放生育潜能、减缓人口老龄化进程、延长人口红利窗口期。
一直以来,社会对发育儿补贴有些争论。有人会拿“低生育率趋势不可逆”去否定育儿补贴的存在价值。其实,应该看到,很多家庭对于生育二孩三孩的犹豫观望,都有生活压力因素考量其中,这在大城市尤其明显。发放育儿补贴,就算无法覆盖全部的生育养育成本,也能缓解许多家庭尤其大城市家庭的压力。而个中传递的“鼓励生育”导向,也会在营造向好预期中带来积极反馈。
值得注意的是,发放育儿补贴是构建生育友好型环境系统工程中的一步,而非全部。自2021年5月31日中央提出实施全面三孩政策以来,全国多地推出了延长产假生育假、给予家庭买房补贴之类的办法鼓励生育。去年8月,国家卫健委等十七部门更是出台了二十条措施,将婚嫁、生育、养育、教育一体考虑,从产假、医疗、教育、住房、财政、税收、保险等方面多向发力,旨在加快建立积极生育支持政策体系。而给予育儿补贴,正与国家层面将“3岁以下婴幼儿照护费用”纳入减税之列的动作同向而行。
说到底,生育是一个家庭的选择问题,也是一个社会的民生问题。发育儿补贴,就是让政府更多地参与到生育养育成本分摊体系中,以减轻育儿经济压力的方式提升人们的生育意愿。