提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
【新时代新征程新伟业】莫干山里的“民宿管家”******
【新时代新征程新伟业】
光明日报记者 陆 健 光明日报通讯员 谢尚国 廖 莹
宽敞的联合办公区,52个工位,每个工位都有一个与民宿相关的创业就业故事。走进浙江省湖州市德清县莫干山镇五四村,离村委会不远的一幢白色简约建筑便是木芽乡村青年创客空间。
“这是全国首个乡村民宿众创空间,也是全国第一家有资质、有标准的乡村民宿管家培训中心。”近日,说起这些,创客空间创始人刘杰语气中带着自豪,谈到创办该空间的初衷是为民宿人提供一个人才培养和交流平台。如今,这里成为“民宿管家”培养提升的重要基地,也成了德清县莫干山民宿行业协会定点活动点之一。
德清莫干山是高端民宿业的发源地之一,也是国内首个县级民宿地方标准的诞生地。目前全县民宿总量近千家,年接待游客超700万人次,营收超30亿元。随着民宿在莫干山“遍地开花”,2016年8月,莫干山民宿经营业主自发成立了德清县莫干山民宿行业协会,经过5年多的发展,目前已拥有会员近200家。5年多来,莫干山民宿行业协会职责不断延伸。今年当选为协会执行会长兼秘书长的刘杰说,协会已成为当地民宿业主心中可靠的“大管家”。
“越是艰难处,越是修心时。”疫情防控期间,很多民宿“慢”下脚步,在协会的组织引导下,通过培训与实操比赛不断提升服务技能与水平。结合“微改造、精提升”行动,不少民宿还在协会的倡导与政府的支持下进行了改造升级,调整了经营战略,为将来发展积蓄能量。
“协会就是我们的‘娘家’,有问题、有需求,都可以去咨询求助。”易竹居民宿业主刘吉庆近日通过协会牵线搭桥,顺利收到了来自银行的49万元贷款,他打算用这笔钱让民宿以更好的面貌迎接八方来客。包括刘吉庆在内,一共有7家民宿享受到了协会的这波“福利”。
新年将至,作为莫干山民宿行业协会会长,钱继良一直关注着行业的整体运营情况。今年,由德清县政府申报的“民宿管家”被正式认定为新职业。协会不仅参与了“民宿管家”职业标准的编制,还参与起草了《乡村民宿服务质量规范》和《民宿管家职业技能等级评定规范》。他坦言,接下来将继续在规范化与绿色低碳发展上做文章,发挥协会引导作用,巩固莫干山民宿在全国民宿行业的标杆地位。
“目前形势怎么样?”“新年订房率高不高?”“有什么需要协会帮助的?”莫干山里,民宿行业协会每家会员都收到了来自“大管家”的线上问候。又是一年新春将至,莫干山民宿也正迎来自己的“春天”。
《光明日报》( 2022年12月31日 03版)